"Я боюсь, что завтрашнего дня не будет ни для кого из нас. Все, что имеет начало, имеет и конец. Я вижу, что конец приближается. Я чувствую, как поднимается тьма". - Оракул. Доставайте свои секретные дешифровальные кольца, книги по психологии и Библии, Матричная революция уже здесь. Машины прорвались в док, и Сион вот-вот будет захвачен ордой кальмароподобных бронированных "дозорных", запрограммированных на то, чтобы прорваться сквозь кошмары целого поколения. Война неизбежна, ведь действие третьей части трилогии "Матрица" происходит через несколько мгновений после того, как вторая, "Перезагрузка Матрицы", резко оборвалась. Нео - единственный, кто может спасти положение, но его тело находится в коматозном состоянии, а разум заперт на "вокзале" между Матрицей и реальным миром. Чтобы освободить его, Морфеус, Тринити и личный телохранитель Оракула, Сераф, должны вновь противостоять Меровингам.
Миссия выполнена, фильм полностью переходит в режим войны, проводя большую часть времени на Зионе и в его каменных стенах, а не внутри матрицы. Это означает, что в фильме меньше столкновений человека с человеком и замедленных пуль, а гораздо больше сокрушительных столкновений с огромными машинами. Тем временем Нео встречается с Оракулом для очередной встречи лицом к лицу и получает мало информации. Затем он тащит Тринити в Город Машин, где вновь подключается к матрице для финального поединка с агентом Смитом. Если он победит, то Зион будет спасен, а человеческая раса сохранена. Если же он проиграет, то фанаты "Матрицы" по всему миру зря выложили более полумиллиарда долларов.
